윤광훈 변호사는 이미 관련 사건에서 충분한 감정이 이루어졌으므로, 이 사건에서 재감정을 진행하려면 A사가 종전의 감정이 절차상 하자가 있다거나 감정인의 전문성이 부족하다는 등의 객관적인 사정을 입증하여야 하고, 단순히 감정 결과가 자신의 주장에 부합하지 않는다는 이유만으로 재감정을 진행할 수는 없다고 주장하였습니다. 항고심 재판부는 '모든 사건에서 감정이 진행되는 것은 적절하지 않다'고 하여 저희의 주장을 인정하면서도 A사의 신청을 받아들여 '선사용' 증거에 대한 재감정을 진행하였습니다. 윤광훈 변호사는 재감정 결과 B사가 제출한 감정대상 파일에 일부 사소한 문제점(전체 프로젝트 파일 중 일부 파일 누락)이 있기는 하나, 종전의 감정 결과를 뒤집을 수 있는 사유는 아니라고 주장하였습니다.
한편, 윤광훈 변호사는 항고심 사건이 진행되는 과정에서 A사의 특허의 진보성을 부정할 수 있는 추가적인 선행발명을 찾아 1심과 다른 새로운 진보성 부정 주장을 추가하였고, 특허법원이 A사의 특허에 대한 무효 사건에서 그러한 주장을 인정한 사실이 있다고 주장하였습니다. 반면에, A사는 해당 특허에 대한 무효 사건이 아직 확정되지 않았고 대법원에서 심리되고 있다는 점을 들어 대법원의 확정 판결을 기다려야 한다고 주장하였습니다.
그러나 항고심 법원은 대법원의 판단을 기다리지 않은 채 A사의 특허가 진보성 결여로 무효임이 명백하다고 하여 A사에게 피보전권리가 인정되지 않는다고 판단하였습니다. 항고심 법원은 A사의 특허가 무효임이 명백한 이상 B사의 '선사용에 의한 통상실시권' 주장은 더 나아가 판단할 필요가 없다고 결정하였습니다.